A partir du 16ème s. San Juan n'a plus lieu d'être comme temple forteresse. On réalise des travaux qui d'une manière ou d'une autre, feront varier la conception médiévale du bâtiment.

1- La tour à créneaux se convertit en clocher

La tour était un ancien fort militaire pour la défense de la porte. Il semble appartenir à la fortification qui se réalisa au 14e. s. Du côté de la campagne elle conserve toute son allure guerrière créneaux inclus. De ce côté nous distinguons trois corps. Sur le corps inférieur un grand arc de décharge, en ogives et aux arêtes saillantes. A l'intérieur et plus bas un autre arc d'ogives ouvert. Dans l'espace restant entre les deux arcs deux meurtrières. A l'intérieur du second arc il y avait la porte qui montait et descendait avec des chaînes.

Sur le second corps un arc de décharge et sur le dernier des fenêtres aux angles en biseau. Les côtés suivent la même organisation sans arc ni porte sur le corps inférieur.

La façade principale de la tour est différente. Les deux corps inférieurs n'en forme qu'un occupé par un grand arc de décharge. Beaucoup plus bas un arc d'ogives qui donne accès à la partie inférieure de la tour, en face de l'arc de sortie du côté opposé, et qui est plus bas, dessinant, ainsi, un joli jeu d'arcs.

Sur la partie haute de la tour on construit durant la première moitié du 17ème. s. un campanile pour abriter les cloches.

2- On agrandit le temple vers le nord

Au 16ème S. on agrandit le bras gauche du transept, l'ancienne porte gothique est détruite et l'actuelle est beaucoup plus simple. De l'ancienne porte il ne reste qu'un petit bénitier sur le linteau, à droite de la porte deux culées terminées en gables et une gargouille qui représente une femme que le village appelle la 'Maripena'. Des corbeaux de facture gothique soutiennent un avant toît.

3- la Chapelle de la Virgen del Pilar est adossée aux pieds du temple

En 1533 Juan de Asteasu construit une chapelle qui devait couvrir la porte au pied du temple. De cette construction il ne reste que les bases des voûtes. On croît que cette construction était semblable à celle de Santa María de los Reyes.

Entre 1732 et 1740 Juan-Bautista de Arbaiza construit la chapelle que l'on peut voir actuellement.

Arbaiza crée un espace qui rompt avec les structures auxquelles il se joint. Son oeuvre démontre une maîtrise de la symétrie, il construit un temple aux formes plus proche de l'homme, moins ascensionnelles. C'est un mélange de fin de baroque et de classique.

De plan octogonal, elle mesure 18,80 mètres de diamètre et 19 mètres de hauteur. De ses angles partent des colonnes corinthiennes terminées en anges musiciens. Des dos de ces anges partent les nefs de la voûte qui entretissent une étoile. Un double étage d'arcs nés des angles de l'octogone forme un couloir et une grande galerie circulaire au rez-de-chaussée et au premier étage. La décoration de la voûte relate l'histoire de la 'Virgen del Pilar' de Saragosse.

Le rétable de Nuestra Señora del Pilar est antérieur à la construction de la chapelle baroque. Fin du 17e. s. et début du 18ème s.

La sculpture de Nuestra Señora del Pilar appartient au meneau de l'ancienne porte principale du temple. Elle date du 13ème-14ème S. Elle est en pied, allongée, étroite comme il correspond à ce genre de statues. Elle est très naturelle, un visage ovale, des yeux coupés en amande. Elle tient une fleur de la main droite et soutient du bras gauche l'enfant Jésus tourné vers le centre. Il bénit de la main droite et tient une pomme dans la main gauche..

Cette sculpture est polychromée. La polychromie date de deux époques, du 16ème et 17ème siècle.

Cette Vierge n'a rien a voir esthétiquement avec celle de Saragosse. Elles n'ont en commun que le nom et le pilier sur lequel elles se trouvaient.

Elle a été très vénérée dans la haute Rioja Alavesa et la Navarre pendant le Moyen-Age et la Renaissance.