San Juan elizak erretaula interesgarri batzuk ditu, denak XVI. mendetik aurrera eraikiak. Erretaula Nagusia nabarmentzen da, oso barrokoa, XVII. mendeko azken urteetan eraikitzen hasten dena eta erdiko absidean kokatu izan zena mende berdinaren azkenengo urteetan. Erdian eta presiditzen, San Juan Bautista eserita; bere eskuinetara Antxon Deuna, eta bere ezkerretara berriz, San Julian.

Bigarren gorputzaren erdialdean, San Juan Evangelista. Beheko bankalaren gainean bi erliebe beha ditzakegu: ezkerrekoa Flagelaldiarena eta eskuinekoa, arantza koroatzearena. Goiko Bankalaren gainean beste bi erliebe aurkitzen dira:ezkerrekoa, Baratzeko Otoitzarena eta eskuinekoa Kalbario bideko Erorketa.

Aldamenetako absideen erretaulak, biak neoklasikoak dira, XVIII. mendeko azken urteetakoak. Eskuinekoa Santiagori dedikatua dago eta ezkerrekoa Ander Deunari.