Laguardia vuelve de nuevo a retomar su caracter de fortaleza, su situación estratégica una vez más hace que la villa se convierta en lugar de enfrentamientos militares. Durante la guerra de la Independencia contra los franceses estos la ocupan y saquean.

En el año 1809, el Marqués de Barriolucio se apodera de ella y ordena destruir gran parte de sus murallas, para evitar de esta manera que en caso de que volviese a caer en manos de los franceses, pudieran estos hacerse fuertes en su interior.

En la primera guerra carlista, se rebajan sus muros y torreones para construir delante de sus puertas unas defensas que la protegieran de los ataques carlistas.

La mayor destrucción de la fortaleza tiene lugar en la última guerra carlista, fueron destruidas algunas vivendas de la calle Rua Mayor de Peralta, y de la calle Páganos, y gran parte de la muralla.

En 1874, los carlistas deciden destruir la fortaleza de Laguardia y convertirlo en un pueblo abierto, sin defensas; a pesar de la oposición de todo el pueblo la demolición se lleva cabo.

De aquella fortaleza inexpugnable de los reyes navarros,hoy sólo quedan las dos torres convertidas en torres-campanario, varias torres menores y algunos restos de la antigua muralla.