A partir del siglo XVI, San Juan ya no tiene sentido como templo-fortaleza. Se realizan varias obras en el templo, que en mayor o menor medida, harán variar la concepción medieval el edificio.
1- La torre almenada pasa a convertirse en pacífica torre-campanario
La torre era un antiguo castillo militar para la defensa de la puerta que tiene debajo. Parece pertenecer a la fortificación o amurallamiento general que rehizo en el siglo XIV. Por la parte del campo conserva todo su empaque guerrero incluso sus almenas. Por este lado podemos distinguir en la torre tres cuerpos. En el cuerpo inferior un gran arco de descarga, apuntado y resaltado en arista. Dentro de él y mucho más bajo otro también apuntado, pero abierto. En el espacio de pared que queda entre ambas, dos saeteras. Por dentro del segundo arco iba la puerta que se bajaba y subía con cadenas.
En el segundo cuerpo otro arco de descarga muy airoso. Y en el tercero ventanales muy rasgados con ángulos de bisel.Los costados obedecen a esta misma organización pero sin arco ni puerta en el cuerpo inferior.
El frente de la torre es algo distinto. Los dos cuerpos inferiores forman uno solo ocupado por un gran arco de descarga. Mucho más abajo, otro arco doblado, también apuntado, que da entrada a la parte inferior de la torre con correspondencia al arco de salida del lado opuesto, que queda más abajo haciendo un bonito juego de arcos.
En la parte alta de la torre se construyó en la primera mitad del siglo XVI una espadaña, para la colocación de las campanas.
2- Se amplía el templo hacia el norte
En el siglo XVI, se amplió el brazo izquierdo del crucero, quedó destrozada la anterior puerta gótica, la de ahora es muy sencilla. De la anterior sólo quedan en el dintel una pequeña pila de agua bendita; a la derecha de la puerta dos estribos rematados por gabletes con volutas y una gárgola representando a una mujer, que el pueblo llama la 'Maripena'. Sosteniendo el tejaroz, canecillos de factura gótica en los que alternan figuras con vegetales.
3- Se adosa a los pies del templo la Capilla de la Virgen del Pilar
En 1533 Juan de Asteasu estaba construyendo una capilla que cubriera la puerta monumental a los pies del templo. De esta construcción sólo quedan los arranques de las bóvedas, pero se supone que debió de ser parecida a la de Santa María de los Reyes.
Entre 1732 y 1740 Juan Bautista de Arbaiza, construyó la capilla que actualmente se conserva adosada a los pies el templo.
Arbaiza crea un espacio de construcción que rompe con las estructuras a las que se une y su obra muestra un absoluto dominio de la simetría y construye un templo de formas más cercanas a lo humano, menos ascensional. Es una mezcla del barroco que camina hacia su fin y del clásico que lucha por abrirse paso.
De planta octogonal, mide 18,80 metros de diámetro y 19 de altura. De sus ángulos arrancan grandes columnas corintias rematadas por ángeles músicos, de cuyas espaldas nacen los nervios de la bóveda que entretejen una estrella grandiosa. Un doble piso de arcos, nacidos de los mismos ángulos del octógono forman un pasillo y una amplia galería circulares en la planta baja y alta respectivamente. Los adornos de la bóveda nos recuerdan la historia de la Virgen del Pilar de Zaragoza.
El retablo de nuestra señora del Pilar es algo anterior a la construcción de la capilla. Barroco: De fines del XVII o principios del XVIII.
La talla de Nuestra Señora del Pilar, pertenece al mainel de la antigua puerta principal del templo, del siglo XIII-XIV. De pie, alargada, estrecha, como corresponde a esta clase de imágenes. Tiene gran encanto y mucha naturalidad. Rostro ovalado con los ojos rasgados y las cejas muy arqueadas. En la mano derecha, una flor. En el brazo izquierdo sostiene al niño, que vuelto hacia el centro, bendice a su vez con la mano derecha mientras que con la izquierda sostiene una manzana.
Esta talla del siglo XIII-XIV, está policromada. Pueden distinguirse policromías de dos épocas: del siglo XVI y del XVII. Lo más retocado es el rostro de la Virgen.
Sorprende el hecho de que no tiene nada que ver estéticamente con la Virgen del Pilar de Zaragoza, lo único que tienen en común y de ahí su nombre, es el pilar sobre el que se asentaba.
Fue muy venerada en toda la Rioja Alta, Alavesa y Navarra durante la edad Media y Renacimiento.
